1、按安裝方式分，可分為內置水冷和外置水冷兩種

對于內置水冷而言，主要由散熱器、水管、水泵、足夠的水源組成，這就注定了大部分水冷散熱系統系統大，而且要求機箱內部空間足夠寬余，這樣一來，用戶在安裝和維護很不方便，容易出現滴漏、安全性不高等問題，不過一些專業廠商推出的內置水冷散熱器則很好的解決了以上問題。

對于大部分外置水冷散熱器而言，不少產品安裝到電腦上后，讓整體外觀不寫協調，嚴重影響了電腦整體美觀。對于以往水冷系統存在的安裝復雜、使用不方便、安全性不高、外觀不美觀等不足，現在不少廠商推出了一些安裝簡單、安全性高、外觀美觀，而且散熱更為理想的外置水冷散熱器。

2、按散熱原理分，可分為主動式水冷和被動式水冷兩種

主動式水冷除了在具備水冷散熱器全部配件外，另外還需要安裝散熱風扇來輔助散熱，這樣一來，盡管散熱效果提升了，但噪音也無法做到安靜，這一水冷方式適合發燒DIY超頻玩家使用。

被動式水冷則不安裝任何散熱風扇，只靠水冷散熱器本身來進行散熱，最多是增加一些散熱片來輔助散熱，該水冷方式比主動式水冷效果差一些，但可以做到完全靜音效果，適合大多數DIY超頻用戶采用。

3、按水冷結構分，可分為一體式水冷和分體式水冷

一體式水冷散熱器由兩大部分組成：冷排和水冷頭，中間由一定長度的水管連接。這是由于一體式水冷散熱器的冷頭、和水泵集成在一起，并取消了水箱的設計，以整個水冷內部空間作為水箱，整個散熱器更加簡潔。

分體式水冷散熱器則由水冷頭、冷排、散熱風扇、水管、水泵、水箱等多個部分組成，可以定制化，但安裝時比較復雜，需要自行組裝并安裝在電腦上。