1.科學性原則

水產飼料配方包含了水產動物營養、飼料、原料特性與分析、質量控制等先進知識。飼料配方中各項營養指標必須建立在科學標準的基礎之上，滿足水產動物對各種營養成分的需要，指標之問具備合理的比例關系，生產出的飼料要具有良好的適口性和利崩效率。而飼料的適口性直接影響水產動物的攝食量。

2.經濟性和市場性原則

在水產養殖生產中，飼料的費用約占整個成本的70%～80%，所以在配合飼料時，要因地制宜，就地取材，精打細算，巧用飼料原料，降低成本。遵循經濟、實用的原則。生產中采用高投入高產出或低投入低產出的飼養策略，主要取決于市場。

3.安全性和合法性原則

配方設計必須遵守國家有關飼料生產的法律法規，如《飼料和飼料添加劑管理條例》、《中華人民共和國獸藥管理條例》、等。盡量使用綠色飼料添加劑如復合酶、酸化劑、益生索、寡聚糖、中草藥制劑等，提高飼料產品的內在質量，使產品安全、無毒、無殘留、無污染，符合營養指標、感觀指標和衛生指標。