北京同仁堂和南京同仁堂都是中國中醫藥領域的知名企業，都是有著悠久歷史和豐富經驗的中藥企業。

北京同仁堂成立于1669年，是中國國家級非物質文化遺產代表性傳承項目之一，公司主要從事中藥材、中藥飲片、中成藥、保健品等的生產、研發和銷售，以傳承中醫藥文化、服務人民健康為使命。

南京同仁堂主要從事中藥材種植、加工、銷售和中成藥生產等業務，產品涵蓋中藥、西藥、保健品等領域，也有多個知名品牌。

無法判斷北京同仁堂和南京同仁堂哪個更為正宗，因為它們都是正規的中藥企業，擁有自己的專業生產線、科研團隊、生產標準和嚴格的質量控制體系。不同的公司在產品研發和生產上有著各自的特點和優勢，消費者可以根據自己的需要和實際情況選擇適合自己的品牌和產品。