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首都兒科研究所是一所集兒科基礎(chǔ)醫(yī)學、臨床醫(yī)學、高等醫(yī)學教育、預防保健醫(yī)學為一體的全國知名的醫(yī)學研究機構(gòu)。常年承擔著國家、衛(wèi)計委、國際合作組織和北京市一系列重大項目和課題的研究，其中有國家973、863項目，國家科技支撐計劃，國家自然科學基金和北京市自然科學基金項目，北京市科委重大項目等。

研究所是國務(wù)院學位委員會批準的兒科碩士、兒科博士學位授權(quán)單位，現(xiàn)有碩、博士生導師40余名。目前，已培養(yǎng)博士、碩士300余人，有10名青年科技骨干入選北京市科技新星。科研、臨床人員每年在各種核心期刊、學術(shù)會議、專業(yè)刊物發(fā)表論文百余篇，其中SCI文章 40余篇。現(xiàn)有百余名留學歸國人員。

院內(nèi)設(shè)有內(nèi)科、外科、急診科、保健科、傳染科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、皮膚科、中醫(yī)科、麻醉科、檢驗科、放射科、藥劑科等20多個臨床醫(yī)技科室。

首都兒科研究所附屬兒童醫(yī)院是三級甲等醫(yī)院。2021年4月26日，首都兒科研究所附屬兒童醫(yī)院順利通過互聯(lián)網(wǎng)醫(yī)院資質(zhì)準入現(xiàn)場評審，成為北京市較早通過該評審的兒童專科醫(yī)院。