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深圳市兒童醫院創建于1997年，位于深圳市中心區，是一家集醫療、保健、科研、教學、康復為一體的綜合性兒童醫院，也是廣東省一家三級甲等兒童專科醫院。

背倚蓮山春早，靜觀廣廈通明，深圳市兒童醫院總占地面積約4.3萬平方米，建筑面積約17萬平方米，開放床位1277張，設有54個臨床醫技科室，學科設置齊全，涵蓋了大型綜合兒童醫院全部業務科室。2021年門、急診量260萬人次，年出院7.4萬人次。

醫院先后立項“深圳兒童重癥疾病診斷重點實驗室”“深圳病原體高通量基因測序技術工程中心”“藥物臨床試驗基地公共服務平臺”“免疫系統人源化小鼠模型研發公共服務平臺”“深圳小兒血液腫瘤分子醫學公共服務平臺”等工程載體，引進國內外高水平醫學團隊11個，其中國際團隊2個。同時，醫院獲得國家藥物臨床試驗機構的資格，獲批專業組有：小兒呼吸、小兒神經病學、小兒血液等8個專業組。

醫院近年來承擔了各級各類重大科研課題項目200余項，包括國家科技部“863”課題、國家自然科學基金重點項目、國家自然科學基金面上及青年項目、國家衛生部衛生行業科研專項重大課題、廣東省自然科學基金項目、深圳市科創委重點項目等，縱向科研經費1.3億余元；近五年發表SCI論文334篇，影響因子（IF>5.0）論文58篇。牽頭、執筆及參與制定國際國內指南標準20余部，承辦全球學術會議第10屆世界兒科感染性疾病大會并發布由我院執筆的《中國兒童合理使用抗菌藥物行動計劃（2017-2020）》。

深圳市兒童醫院是中國醫科大學和汕頭大學深圳兒科臨床學院，南方科技大學和重慶醫科大學教學醫院，遵義醫科大學和錦州醫科大學等院校的研究生培養基地。醫院擁有兒科和兒外科等國家住院醫師規范化培訓基地。醫院還是深圳市博士后創新實踐基地，建成并啟用了深圳市兒童醫學技能培訓部，培養了大批卓越的兒科創新人才。

醫院注重人才建設，引進培養了一批具有高學術影響力的學科帶頭人和學科骨干，涵蓋外籍院士，海外高層次人才B類、C類，實用型人才Ⅰ類、Ⅱ類等。截至2021年12月份，醫院現有職工2345人，其中博士生導師9名，碩士導師121名、享受國務院特殊津貼者1人、享受深圳市政府津貼者2人、博士102人、碩士582人、高級職稱專業人才387人。現有學術團體主任及副主任委員18人、學組組長及副組長15人，常委27人、委員271人，中華醫學會、中華預防醫學會、中華口腔醫學會、中華中醫藥學會各專業組委員76人。